Qua vài năm hoạt động, một số thành viên và người tham gia góp vốn vào Quỹ đã làm đơn tố cáo, cho rằng Giám đốc “lộng quyền”, tự ý đưa nhân sự là con cháu vào giữ các chức vụ chủ chốt của Quỹ; trù dập, sa thải những người phản đối việc làm sai trái của lãnh đạo.