Khi lập dự án, Sở Văn hóa,Thể thao và Du lịch cũng đã thông qua và báo cáo Cục Di sản-Bộ Văn hóa Thể thao và Du Lịch về vị trí đã chọn.
Sau khi dự án được duyệt, Sở Văn hóa,Thể thao và Du lịch Hà Tĩnh tiếp tục báo cáo lại với Hội đồng gia tộc dòng họ Nguyễn-Tiên Điền một lần nữa để triển khai các bước tiếp theo.
Tuy nhiên, Hội đồng gia tộc dòng họ Nguyễn-Tiên Điền lại không nhất trí xây dựng trên khu đất mà trước đây đã chọn và đã được Ủy ban Nhân dân tỉnh Hà Tĩnh phê duyệt vì Hội đồng gia tộc dòng họ Nguyễn-Tiên Điền cho rằng khu đất đó hơi thấp dần ra phía sau, không được đẹp, nên yêu cầu chọn một vị trí khác.
Nguyên nhân nữa là nguồn vốn để triển khai dự án này đang cực kỳ khó khăn và hạn hẹp. Theo dự kiến, kinh phí cho việc tu bổ tôn tạo nhà thờ họ Nguyễn-Tiên Điền khoảng từ 6-6,5 tỷ đồng, trong khi đó Nhà nước chỉ bố trí được khoảng 1,5 tỷ đồng và nguồn vốn đối ứng của tỉnh Hà Tĩnh cũng không đáp ứng được việc thực hiện dự án.
Trước đó, Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch Hà Tĩnh cũng đã có công văn đề nghị Ủy ban Nhân dân tỉnh Hà Tĩnh cho phép tạm dừng việc khởi công mới dự án tu bổ, tôn tạo khu mộ và nhà thờ dòng họ Nguyễn-Tiên Điền thuộc Khu di tích Nguyễn Du.
Sau khi xem xét đề nghị của Sở, Phó Chủ tịch Ủy ban Nhân dân tỉnh Hà Tĩnh, ông Nguyễn Thiện cũng đã có Công văn số 1102/UBND-VX, đồng ý tạm dừng khởi công mới dự án; đồng thời giao Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch (chủ đầu tư) tiến hành các thủ tục tạm dừng dự án theo đúng quy định hiện hành; phối hợp với Hội đồng gia tộc dòng họ Nguyễn-Tiên Điền thống nhất vị trí tôn tạo nhà thờ và có kế hoạch huy động nguồn vốn để khởi công dự án khi có đủ điều kiện./.