Để quản lý nhà nước về Hải quan tại khu vực này, ngày 6/4/2010 Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ban hành quyết định 725/QĐ-BTC thành lập Chi cục Hải quan KKT cửa khẩu Cầu Treo. Sau khi Chi cục này được thành lập, Tổng cục Hải quan và Cục Hải quan Hà Tĩnh đã được bộ, ngành phê duyệt đầu tư tổ hợp nhà công vụ, trong đó có tòa nhà đa năng 4 tầng với số vốn đầu tư gần 100 tỷ đồng.

Thế nhưng, chỉ vừa mới đưa vào sử dụng chưa đầy 5 năm, tổ hợp nhà công vụ này đã bị bỏ phí khi Bộ Tài chính cho giải thể Chi cục Hải quan KKT CKCT vào ngày ngày 1/6/2018. Từ sau khi Chi cục bị giải thể, Cục Hải quan Hà Tĩnh buộc phải điều động, luân chuyển phần lớn cán bộ đến nhận nhiệm vụ tại các đơn vị trực thuộc. Được thiết kế phục vụ hàng chục cán bộ, nhân viên hải quan, nay tòa nhà được bàn giao cho Đội kiểm soát Hải quan chỉ với hơn 10 người làm việc thường trực.

Chuyển đổi công năng một cách bất đắc dĩ, phần lớn tòa nhà bị bỏ không.

Nhiều tài sản, trang thiết bị trong tòa nhà bị bỏ xó, vứt chỏng chơ.

Công năng bị chuyển đổi, chỉ còn phục vụ một số cán bộ nhân viên hải quan, nên hầu hết các máy móc phục vụ tòa nhà hiện bỏ phí.

Khu vui chơi, giải trí của cán bộ nhân viên bị bỏ không, gây lãng phí lớn.

Không được duy tu, bão dưỡng, tòa nhà cũng đang xuống cấp nghiêm trọng.

Nơi để xe cán bộ nhân viên trống huơ trống hoác.

Ở phía đối diện Tòa nhà của Chi cục hải quan đã giải thể, là khu nhà làm việc liên ngành (Hải quan, biên phòng, công an, Quản lý thị trường...) có số vốn đầu tư hàng chục tỷ đồng hiện cũng bỏ không, đang chờ chuyển đổi công năng do tác động từ thay đổi của Khu kinh tế Cửa khẩu Cầu Treo.

Sau một thời gian bỏ không, mới đây tòa nhà đã được BQL KKT tỉnh Hà Tĩnh cho Công an huyện Hương Sơn mượn tạm làm trụ sở cho Đội Cảnh sát PCCC và cứu nạn cứu hộ làm việc. Theo một cán bộ của Đội Cảnh sát PCCC và cứu nạn cứu hộ làm việc tại đây, đơn vị chỉ sử dụng một số phòng ở tầng 1, còn lại cả khu nhà hiện để không, gây lãng phí rất lớn.

Một công trình khác cũng ngốn hàng tỷ đồng tiền ngân sách là Cổng kiểm soát hàng ra vào nội địa (Cổng B) được xây dựng tại xã Sơn Tây, cách cửa khẩu Cầu Treo khoảng 30km.

Từ khi Khu kinh tế cửa khẩu Cầu Treo không còn được hưởng ưu đãi Khu phi thuế quan, không còn được hưởng các chính sách thuế đối với hàng hóa, dịch vụ như trước, cổng kiểm soát này cũng chấm dứt vai trò kiểm soát xe cộ, hàng hóa lưu thông, chỉ còn đóng vai trò tạo cảnh quan, điểm nhấn trên cung đường 8A. Do không được sử dụng, duy tu bão dưỡng, nên công trình có kiến trúc khá độc đáo này hiện xuống cấp một cách nghiêm trọng. Hầu hết các phòng chức năng làm việc ở trạm kiểm soát này hiện bị bỏ không, rác, phế thải vứt bừa bãi.

Máy móc, trang thiết bị trạm kiểm soát vứt ngổn ngang, hỏng hóc gây lãng phí rất lớn.