Yêu cầu trên xuất phát từ những lo ngại của hải quan địa phương về việc DN “chạy” thời điểm Thông tư 109/2014/TT-BTC có hiệu lực (1-10-2014) mở tờ khai trước để hưởng chính sách thuế ưu đãi.
Thông tư 109/2014/TT-BTC năm 2014 của Bộ Tài chính (Thông tư 109/2014/TT-BTC hướng dẫn thực hiện một số điều của Quyết định 72/2013/QĐ-TTg năm 2013 của Thủ tướng Chính phủ quy định cơ chế, chính sách tài chính đối với KKT cửa khẩu) quy định, từ ngày 1-10, khi NK từ nước ngoài vào khu phi thuế quan thuộc KKT cửa khẩu tất cả hàng hóa (trừ “hàng hóa NK để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư” và “hàng hóa là nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm NK để sản xuất của các dự án đầu tư”) đều thuộc đối tượng chịu các sắc thuế: Thuế NK, thuế TTĐB, thuế GTGT (nếu có).
Việc thực hiện Thông tư 109/2014/TT-BTC đã khiến Cục Hải quan Tây Ninh đặt câu hỏi, đối với những tờ khai NK đăng ký trước ngày 1-10-2014, ngày Thông tư 109/2014/TT-BTC có hiệu lực thi hành, nhưng hàng hóa thực nhập vào khu phi thuế quan từ ngày 1-10-2014 trở về sau thì có thuộc đối tượng không chịu thuế NK, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 2 Điều 48 Thông tư 128/2013/TT-BTC hay không?
Cũng giống như Cục Hải quan Tây Ninh, Cục Hải quan Hà Tĩnh cho rằng, theo các quy định tại Điều 20, Điều 21 Quyết định 162/2007/QĐ-TTg năm 2007 của Thủ tướng Chính phủ ban hành quy chế hoạt động của khu kinh tế cửa khẩu Cầu Treo (Hà Tĩnh) và các văn bản liên quan có hiệu lực đến ngày 30-9-2014, thì các hàng hóa nêu trên thuộc đối tượng không chịu thuế.
Từ thực tế, Cục Hải quan Hà Tĩnh đặt ra nghi vấn, nhiều DN trong KKT cửa khẩu Cầu Treo sẽ đăng ký tờ khai NK hàng hóa từ nước ngoài vào KKT cửa khẩu Cầu Treo trước ngày 1-10-2014 để hưởng chính sách thuế ưu đãi hơn, có trường hợp tờ khai đăng ký, thông quan trước ngày 1-10-2014 nhưng hàng hóa sau ngày 1-10-2014 mới qua khu vực giám sát hải quan.
Trước nhưng lo ngại của hải quan địa phương, Tổng cục Hải quan đang yêu cầu tăng cường biện pháp quản lý hải quan đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra khu kinh tế cửa khẩu.
Để tạo thuận lợi cho DN, Tổng cục Hải quan yêu cầu, đối với hàng hóa XK, NK từ khu phi thuế quan thuộc KKT cửa khẩu, các đơn vị hải quan thực hiện thủ tục hải quan theo quy định hiện hành và nội dung hướng dẫn tại Thông tư 109/2014/TT-BTC.
Tuy nhiên, Cục Điều tra chống buôn lậu, Cục Hải quan các tỉnh nêu trên sẽ tăng cường các biện pháp kiểm tra, kiểm soát hải quan; chủ động phối hợp với các cơ quan chức năng liên quan để kịp thời ngăn chặn hành vi thẩm lậu vào nội địa đối với những hàng hóa đã làm thủ tục XK từ nội địa vào khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu trước thời điểm 1-10-2014 để gian lận thuế GTGT, tập trung chủ yếu đối với những mặt hàng thuộc Danh mục hàng hóa quy định tại phụ lục I (Danh mục hàng hóa không thực hiện thủ tục hải quan và Danh mục hàng hóa kiểm tra trước khi hoàn thuế GTGT) ban hành kèm theo Thông tư 109/2014/TT-BTC.
Bên cạnh đó, Tổng cục Hải quan cũng đã trao đổi những vướng mắc trong việc thực hiện Thông tư 109/2014/TT-BTC với Vụ Chính sách thuế (Bộ Tài chính), báo cáo Bộ Tài chính để có hướng xử lý tiếp theo.
