Theo biểu mức thu phí kèm theo Thông tư, kể từ ngày 1-1-2016 trở đi, mức thu cụ thể như sau: Xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn và các loại xe buýt vận tải khách công cộng là 35.000 đồng/lượt; Xe từ 12 ghế ngồi đến 30 ghế ngồi, xe tải có tải trọng từ 2 tấn đến dưới 4 tấn là 50.000 đồng/lượt; Xe từ 31 ghế ngồi trở lên, xe tải có tải trọng từ 4 tấn đến dưới 10 tấn là 75.000 đồng/lượt.

Xe  tải có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn và xe chở hàng bằng container 20 feet là 140.000 đồng/lượt; Xe tải có tải trọng từ 18 tấn trở lên và xe chở hàng bằng container 40 feet là 200.000 đồng/lượt.

Phí qua trạm này hiện tại được áp dụng theo Thông tư số 53/2013/TT-BTC với mức thu thấp nhất là 20.000 đồng/lượt và cao nhất là 160.000 đồng/lượt tùy trọng tải xe.

Phí sử dụng đường bộ trạm thu phí Cầu Rác, quốc lộ 1, tỉnh Hà Tĩnh hàng năm sau khi trừ các khoản thuế theo quy định được xác định là khoản tiền hoàn vốn theo phương án tài chính của Hợp đồng BOT Dự án đầu tư xây dựng quốc lộ 1, đoạn tránh thành phố Hà Tĩnh, tỉnh Hà Tĩnh và các Phụ lục Hợp đồng BOT.

Đơn vị được Bộ Giao thông vận tải giao nhiệm vụ tổ chức thu phí sử dụng đường bộ trạm thu phí Cầu Rác, quốc lộ 1, tỉnh Hà Tĩnh có trách nhiệm tổ chức các điểm bán vé tại trạm thu phí thuận tiện cho người điều khiển phương tiện giao thông, tránh ùn tắc giao thông, bán kịp thời đầy đủ các loại vé theo yêu cầu của người mua, không hạn chế thời gian bán vé tháng, vé quý; thực hiện đăng ký, kê khai, thu, nộp, sử dụng chứng từ thu, công khai chế độ thu phí sử dụng đường bộ theo quy định.

Thông tư này có hiệu lực từ ngày 1-1-2016. Thời gian bắt đầu thu phí kể từ khi Dự án (bao gồm cả hạng mục bổ sung) đã được Bộ Giao thông vận tải thực hiện nghiệm thu hoàn thành và đưa vào sử dụng và được Bộ Giao thông vận tải ban hành Quyết định cho phép thu phí.

Các Bên tham gia ký kết Hợp đồng BOT thực hiện điều chỉnh phương án tài chính của Hợp đồng BOT dự án phù hợp với mức thu phí quy định tại Thông tư này.

Khi mức thu phí mới được áp dụng, các mức thu cũ tại Thông tư số 53 cũng sẽ hết hiệu lực thi hành.