Nhằm chiếm đoạt tiền hoàn thuế, vào giữa năm 2014, Nguyễn Quang Chung (sinh năm 1982) đã thành lập một công ty “ma” với tên gọi Công ty Xuất Nhập khẩu SCI, trụ sở tại Thôn 43, xã Diệm Sơn, huyện Hương Sơn, tỉnh Hà Tĩnh. Đối tượng Nguyễn Quang Chung đã thuê đối tượng Lê Đình Quốc (sinh năm 1991) làm Giám đốc.

Đối tượng Chung cấu kết với một số chủ xe của các tư thương ở Nghệ An thường xuyên vận chuyển hàng xuất khẩu sang Lào, rồi kê khai trên tờ khai hải quan điện tử thành hàng hóa xuất khẩu của Công ty SCI, sau đó hợp thức hóa các thủ tục thanh toán tiền hàng qua một công ty đặt tại Lào và chuyển tiền ngược trở về Việt Nam thông qua Ngân hàng Ngoại thương, với tổng giá trị hàng hóa hơn 150 tỷ đồng.

Sau đó, lợi dụng sự quản lý lỏng lẻo của cơ quan thuế, Công ty SCI đã dựng khống các hồ sơ hoàn thuế GTGT tại Cục Thuế tỉnh Hà Tĩnh.

Để hợp thức đầu vào, Chung và các đồng phạm đã mua 218 hóa đơn GTGT của 11 doanh nghiệp trên địa bàn Hà Tĩnh, Nghệ An và TP.HCM. Từ số hóa đơn này, Chung đã ba lần làm thủ tục hoàn thuế trót lọt để rút về số tiền trên 8,3 tỷ đồng. Trong khi đó, phía các công ty bán hóa đơn cho SCI cũng đã lợi dụng chính sách – kể từ ngày 1/1/2015 các công ty xuất khẩu xin hoàn thuế không bắt buộc phải nộp kèm tờ khai bản kê mua vào và bán ra các loại hàng hóa – để bán hóa đơn kiếm tiền chênh lệch.

VTV