Theo trung tâm Khí tượng thủy văn quốc gia trước khi Hà Nội xảy ra cơn mưa giông lớn, phía đông bắc thủ đô xuất hiện vùng mây đối lưu phát triển tiến gần khu vực trung tâm thành phố. Vào khoảng 18h chiều 4/6, vùng mây đối lưu đã gây nên cơn mưa rào và giông cho khu vực phía đông bắc Hà Nội và các vùng lân cận. Sau đó vùng mưa mở rộng dần vào khu vực trung tâm thành phố gây nên gió giật mạnh, một số nơi có lốc. Các khu vực quận Ba Đình, Thanh Xuân, Bắc Từ Liêm, Nam Từ Liêm là nơi chịu ảnh hưởng nhiều nhất.