Sau khi làm việc với lãnh đạo Nhà máy và tiến hành kiểm tra, đoàn công tác nhận thấy: Trong quá trình vận hành thử nghiệm, Nhà máy đã có những giải pháp tích cực, thực hiện sự chỉ đạo của UBND tỉnh Hà Tĩnh. Tuy nhiên vẫn còn một số tồn tại mà Nhà máy phải có giải pháp khắc phục đó là, t Tại địa điểm gần miệng cống thoát nước số 1 chảy ra sông Rào Trổ có hiện tượng rò rỉ nước thải từ hồ sinh học thứ nhất, kiểm tra thực tế bùn nhão ở phía bờ sông khu vực này có mùi hôi, chua như mùi nước bã sắn. Khu vực phơi bã sắn (2 địa điểm có diện tích khoảng 6.000 m2) chưa có hệ thống thu gom nước thải, bãi phơi trên tấm lót bằng bạt, khi trời mưa nước mưa ngấm vào có nguy cơ chảy trực tiếp ra môi trường. Khu vực sân phơi phía Tây Bắc của Nhà máy, bã sắn được phơi ngay cạnh mương thoát nước mưa nên trời mưa bã sắn chảy xuống, đây chính là nguyên nhân một số bã sắn chảy theo mương và thoát ra sông Rào Trổ mà báo Tuổi trẻ đã phản ảnh;

Đoàn kiểm tra đã tiến hành lấy 04 mẫu nước phân tích làm cơ sở cho việc kết luận và kiến nghị các giải pháp xử lý. Sở TNMT còn cho hay, sau khi kiểm tra, Đoàn Công tác đã tổ chức làm việc với Lãnh đạo Nhà máy, lập biên bản xác định những nội dung, kết quả kiểm tra, thống nhất, yêu cầu Nhà máy tạm dừng sản xuất và khẩn trương có biện pháp khắc phục những tồn tại. Sau khi khắc phục xong, nhà máy phải báo cáo để đoàn kiểm tra tổ chức kiểm tra lại và đề xuất việc cho phép tiếp tục sản xuất của nhà máy với điều kiện đáp ứng được những yêu cầu theo Công văn số 166/UBND-NL1 ngày 21/01/2009 của UBND tỉnh Hà Tĩnh; Khẩn trương đẩy nhanh tiến độ xây dựng hoàn chỉnh hệ thống xử lý chất thải theo hồ sơ thiết kế đã được phê duyệt theo cam kết của nhà máy.